Development of Three Additional Culex Species-Specific Polymerase Chain Reaction Primers and Their Application in West Nile Virus Surveillance in Canada
Notice bibliographique
Résumé
In 2002, more than 17,000 mosquito pools collected in Canada (Quebec, Ontario, and Manitoba) were tested at the National Microbiology Laboratory in Winnipeg, Manitoba, for infection with West Nile virus (WNV). Using real-time reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), 558 mosquito pools (86% Culex species and 14% other species) had evidence of infection with WNV. Only 30% of the Culex specimens, however, were identified to the species level. In this study, Culex species-specific PCR primers were designed to identify individual mosquitoes and mixed pools of Culex mosquitoes to species. In addition, pools of non-Culex mosquitoes that tested positive for WNV were also screened for Culex DNA to determine the frequency of cross-contamination among mosquitoes of different species. All DNA extracts from 121 Culex and 51 non-Culex pools, previously positive for WNV, were screened, and Culex DNA was detected in approximately 6% of non-Culex pools. This study demonstrates that contamination among mosquito species can occur and emphasizes that precautions should be taken to minimize this potentially confounding effect.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».