Identification of the two essential groups in the family 3 β-glucosidase from Flavobacterium meningosepticum by labelling and tandem mass spectrometric analysis
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
beta-Glucosidase from Flavobacterium meningosepticum (Fbgl) catalyses the hydrolysis of beta-1,4-glucosidic bonds via a two-step double-displacement mechanism in which two amino acid residues act as nucleophile and acid/base catalyst. Definitive identification of these two residues is provided by the two active-site-directed inactivators, 2',4'-dinitrophenyl-2-deoxy-2-fluoro-beta-d-glucoside (2FDNPG) and N-bromoacetyl-beta-d-glucosylamine (NBGN), which stoichiometrically label the nucleophile and the acid/base catalyst of Fbgl, respectively. Pseudo-first-order inactivation rate constants (k(i)) of 0.25+/-0.01 and 0.05+/-0.01 min(-1) and dissociation constants (K(i)) of 90+/-15 and 4.4+/-0.2 mM are determined for 2FDNPG and NBGN, respectively. Proteolytic digestion of the labelled proteins, followed by peptide mapping and tandem MS analysis identify Asp-247 and Glu-473 as the catalytic nucleophile and acid/base residues, respectively, of Fbgl. This study confirms that the catalytic nucleophile of family 3 glycohydrolase is conserved across sub-families. However, different sub-families may have unique general acid/base catalysts.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle