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Enregistrement W2096724368 · doi:10.1093/hmg/dds552

Genome-wide association study identifies loci on 12q24 and 13q32 associated with Tetralogy of Fallot

2013· article· en· W2096724368 sur OpenAlexafffund
Heather J. Cordell, Ana Töpf, Chrysovalanto Mamasoula, Alex V. Postma, Jamie Bentham, Diana Zélénika, Simon Heath, Gillian M. Blue, Catherine Cosgrove, Javier T Granados-Riveron, Rebecca Darlay, Rachel Soemedi, Ian Wilson, Kristin L. Ayers, Thahira Rahman, Diana Hall, Barbara J.M. Mulder, Aeilko H. Zwinderman, Klaartje van Engelen, J. David Brook, Kerry Setchfield, Frances Bu’Lock, Chris Thornborough, John O’Sullivan, Graham Stuart, J M Parsons, Shoumo Bhattacharya, David S. Winlaw, Seema Mital, Marc Gewillig, Jeroen Breckpot, Koenraad Devriendt, Antoon F.M. Moorman, Anita Rauch, G.M. Lathrop, Bernard Keavney, JA Goodship

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesOntario Ministry of Research and InnovationMenzies Centre for Australian Studies, King's College London, University of LondonBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Institutes of HealthKing's College LondonNational Institute for Health and Care ResearchNational Eye InstituteBritish Heart FoundationWellcome TrustHeart and Stroke Foundation of Canada
Mots-clésBiologyGenome-wide association studyGeneticsTetralogy of FallotAlleleGenetic associationSingle-nucleotide polymorphismChromosomeOdds ratioGenotypeGeneHeart diseaseInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We conducted a genome-wide association study to search for risk alleles associated with Tetralogy of Fallot (TOF), using a northern European discovery set of 835 cases and 5159 controls. A region on chromosome 12q24 was associated (P = 1.4 × 10(-7)) and replicated convincingly (P = 3.9 × 10(-5)) in 798 cases and 2931 controls [per allele odds ratio (OR) = 1.27 in replication cohort, P = 7.7 × 10(-11) in combined populations]. Single nucleotide polymorphisms in the glypican 5 gene on chromosome 13q32 were also associated (P = 1.7 × 10(-7)) and replicated convincingly (P = 1.2 × 10(-5)) in 789 cases and 2927 controls (per allele OR = 1.31 in replication cohort, P = 3.03 × 10(-11) in combined populations). Four additional regions on chromosomes 10, 15 and 16 showed suggestive association accompanied by nominal replication. This study, the first genome-wide association study of a congenital heart malformation phenotype, provides evidence that common genetic variation influences the risk of TOF.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,578
Score d'incertitude au seuil0,818

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations109
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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