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Enregistrement W2096937569 · doi:10.1186/2042-5783-3-3

Sialic acid utilization by Cronobacter sakazakii

2013· article· en· W2096937569 sur OpenAlexfundno aff
Susan Joseph, Sumyya Hariri, Naqash Masood, Stephen Forsythe

Notice bibliographique

RevueMicrobial Informatics and Experimentation · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnterobacteriaceae and Cronobacter Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesUniversity of NottinghamTrent UniversityNottingham Trent University
Mots-clésCronobacter sakazakiiSialic acidMicrobiologyChemistryFood scienceBiochemistryBiologyInfant formula

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The Cronobacter genus is composed of seven species, and can cause infections in all age groups. Of particular concern is C. sakazakii, as this species is strongly associated with severe and often fatal cases of necrotizing enterocolitis and meningitis in neonates and infants. Whole genome sequencing has revealed that the nanAKT gene cluster required for the utilisation of exogenous sialic acid is unique to the C. sakazakii species (ESA_03609-13).Sialic acid is found in breast milk, infant formula, intestinal mucin, and gangliosides in the brain, hence its metabolism by C. sakazakii is of particular interest. Therefore its metabolism could be an important virulence factor. To date, no laboratory studies demonstrating the growth of C. sakazakii on sialic acid have been published nor have there been reports of sialidase activity. The phylogenetic analysis of the nan genes is of interest to determine whether the genes have been acquired by horizontal gene transfer. RESULTS: Phylogenetic analysis of 19 Cronobacter strains from 7 recognised species revealed the nanAKTR genes formed a unique cluster, separate from other Enterobacteriaceae such as E. coli K1 and Citrobacter koseri, which are also associated with neonatal meningitis. The gene organisation was similar to Edwardsiella tarda in that nanE gene (N-acetylmannosamine-6-phosphate-2epimerase) was not located within the nanATK cluster. Laboratory studies confirmed that only C. sakazakii, and not the other six Cronobacter species, was able to use sialic acid as a carbon source for growth. Although the ganglioside GM1 was also used as carbon source, no candidate sialidase genes were found in the genome, instead the substrate degradation is probably due to β-galactosidase activity. CONCLUSIONS: Given the relatively recent evolution of both C. sakazakii (15-23 million years ago) and sialic acid synthesis in vertebrates, sialic acid utilization may be an example of co-evolution by one species of the Cronobacter genus with the mammalian host. This has possibly resulted in additional virulence factors contributing to severe life-threatening infections in neonates due to the utilization of sialic acid from breast milk, infant formula, milk (oligosaccharides), mucins lining the intestinal wall, and even gangliosides in the brain after passing through the blood-brain barrier.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,277
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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