Expression profiling of mouse embryonic fibroblasts with a deletion in the helicase domain of the Werner Syndrome gene homologue treated with hydrogen peroxide
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Werner Syndrome (WS) is a rare disorder characterized by the premature onset of a number of age-related diseases. The gene responsible for WS encodes a DNA helicase/exonuclease protein believed to affect different aspects of transcription, replication, and/or DNA repair. In addition to genomic instability, human WS cells exhibit oxidative stress. In this report, we have examined the impact of exogenous hydrogen peroxide on the expression profile of mouse embryonic fibroblasts lacking part of the helicase domain of the WRN homologue (here referred to as Wrn Delta hel/Delta hel). RESULTS: Wrn Delta hel/Delta hel mutant mouse embryonic fibroblasts exhibit increased oxidative stress. This was reflected by increased intracellular reactive oxygen species (ROS), increased oxidative damage in genomic DNA, changes in ATP/ADP ratios, and a disruption of the inner mitochondrial transmembrane potential when compared to wild type mouse embryonic fibroblasts. Expression profile analyses of hydrogen peroxide-treated wild type cells have indicated significant decreases in the expression of genes involved in mitosis, glycolysis, fatty acid metabolism, nucleic acid metabolism, and cell cycle control, as well as protein modification and stability. Such decreases in these biological processes were not observed in hydrogen peroxide-treated Wrn Delta hel/Delta hel cells. Importantly, untreated Wrn Delta hel/Delta hel cells already exhibited down regulation of several biological processes decreased in wild type cells that had been treated with hydrogen peroxide. CONCLUSION: Expression profiling of Wrn Delta hel/Delta hel mutant cells revealed a very different response to exogenous addition of hydrogen peroxide in culture compared to wild type cells. This is due in part to the fact that Wrn Delta hel/Delta hel mutant cells already exhibited a modest chronic intracellular oxidative stress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».