Nucleic acid contamination of glycogen used in nucleic acid precipitation and assessment of linear polyacrylamide as an alternative co-precipitant
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Molecular-grade glycogen is widely used to recover nanogram or picogram quantities of DNA and RNA across molecular biology applications in the life sciences. As a result, its purity is critical to obtain reliable results. Using agarose gel electrophoresis, we detected pg/microL (DNA) to ng/microL (RNA) concentrations of nucleic acid in two of the nine glycogen samples obtained from commercial suppliers. Denaturing gradient gel electrophoresis of 16S rRNA gene PCR-amplified products indicated that an additional two samples contained detectable contamination. We also tested a synthetic polymer co-precipitant, linear polyacrylamide (LPA); none of the four samples tested with LPA were detectably contaminated. The partial 16S rRNA gene sequence associated with the contaminated samples of the shellfish-derived glycogen was nearly identical to the sequence of Actinobacteria lwoffii, which has been isolated from mussels previously. By testing the recovery of low-nanogram amounts of DNA with multiple precipitants and simulated experimental conditions, we demonstrated that LPA was a preferable co-precipitant for sensitive protocols.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle