Cloning and characterization of the mouse ortholog of<i>mi-er1</i>
Notice bibliographique
Résumé
Mi-er1 is a fibroblast growth factor immediate-early gene whose expression is differentially regulated in breast tumours. MI-ER1 functions as a transcriptional repressor of a number of genes, including Sp1 target genes. The Xenopus and human orthologs have been described and here we report the characterization of the mouse gene and its products. Mouse mi-er1 is a single copy gene located on chromosome 4. It has the same intron-exon structure as the human gene with the exception of exon 3A, in which an upstream 3' splice acceptor is utilized. As described in humans, multiple transcripts are produced in the mouse, and we have isolated the mouse orthologs of the human N1-beta, N2-beta and N3-beta, all of, which differ in their N-terminal sequence. Furthermore, we have isolated a novel isoform, N4-beta, containing sequence from an additional exon located between exon 4 and exon 5 that produces an fourth alternate N-terminus. The human mi-er1 transcripts also include isoforms encoding two alternate C-termini, alpha and beta. Like Xenopus, only isoforms containing the beta C-terminus have been detected in the mouse. Expression analysis, using a panel of mouse tissues and embryos, revealed that the N1-beta and N3-beta are ubiquitously expressed while N4-beta is only expressed in testis. N2-beta is expressed in most tissues but was not detected in heart, brain, eye or skeletal muscle. Sequence comparison revealed 95% identity between mouse and human MI-ER1 isoforms and 72% identity between mouse and Xenopus. The most conserved region in the MI-ER1 protein is the SANT domain, which is identical in all three species. Further analysis of the SANT domain using sequences retrieved from the genome databases for rat, cow, chicken, zebrafish, trout and Xenopustropicalis revealed that this domain is highly conserved, with 88% identity among the 9 species. Moreover, an additional 10 residues C-terminal to the published end of this domain are 100% conserved, suggesting that in MI-ER1, the functional domain includes this extended sequence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».