PCR‐based identification of eight <i>lactobacillus</i> species and 18 hr‐HPV genotypes in fixed cervical samples of south african women at risk of HIV and BV
Notice bibliographique
Résumé
Vaginal lactobacilli assessed by PCR-based microarray and PCR-based genotyping of HPV in South African women at risk for HIV and BV. Vaginal lactobacilli can be defined by microarray techniques in fixed cervical samples of South African women. Cervical brush samples suspended in the coagulant fixative BoonFix of one hundred women attending a health centre for HIV testing in South Africa were available for this study. In the Ndlovu Medical Centre in Elandsdoorn, South Africa, identification of 18 hr-HPV genotypes was done using the INNO-LiPA method. An inventory of lactobacilli organisms was performed using microarray technology. On the basis of the Lactobacillus and Lactobacillus biofilm scoring, the cases were identified as Leiden bacterial vaginosis (BV) negative (BV-; n = 41), Leiden BV intermediate (BV±; n = 25), and Leiden BV positive (BV+; n = 34). Fifty-one women were HIV positive and 49 HIV negative. Out of the 51 HIV positive women, 35 were HPV infected. These 51 HIV positive women were frequently infected with HPV16 and HPV18. In addition, HPV35, HPV52, HPV33, and HPV66 were often detected in these samples. Lactobacillus salivarius and Lactobacillus iners were the most prevalent lactobacilli as established by the microarray technique. In women with HPV infection, the prevalence of Lactobacillus crispatus was significantly reduced. In both HIV and HPV infection, a similar (but not identical) shift in the composition of the lactobacillus flora was observed. We conclude that there is a shift in the composition of vaginal lactobacilli in HIV-infected women. Because of the prominence of HPV35, HPV52, HPV33, and HPV66, vaccination for exclusively HPV16 and HPV18 might be insufficient in South African HIV+ women.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».