Enrichment Map: A Network-Based Method for Gene-Set Enrichment Visualization and Interpretation

2010· article· en· 2 441 citations· W2097948046 sur OpenAlex· 10.1371/journal.pone.0013984

Pourquoi ce travail est-il dans la base ?

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

Affiliation canadienneUne personne signataire a déclaré un établissement canadien. C'est la seule voie dont dispose la base habituelle.

Organisme subventionnaire canadienUn organisme canadien l'a financé. Le travail peut ne porter aucune affiliation canadienne.

Scores machine (provisoires)

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Tête enseignante Opus0,015

Tête enseignante GPT0,268

Écart entre enseignants: 0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation: score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Résumé

BACKGROUND: Gene-set enrichment analysis is a useful technique to help functionally characterize large gene lists, such as the results of gene expression experiments. This technique finds functionally coherent gene-sets, such as pathways, that are statistically over-represented in a given gene list. Ideally, the number of resulting sets is smaller than the number of genes in the list, thus simplifying interpretation. However, the increasing number and redundancy of gene-sets used by many current enrichment analysis software works against this ideal. PRINCIPAL FINDINGS: To overcome gene-set redundancy and help in the interpretation of large gene lists, we developed "Enrichment Map", a network-based visualization method for gene-set enrichment results. Gene-sets are organized in a network, where each set is a node and edges represent gene overlap between sets. Automated network layout groups related gene-sets into network clusters, enabling the user to quickly identify the major enriched functional themes and more easily interpret the enrichment results. CONCLUSIONS: Enrichment Map is a significant advance in the interpretation of enrichment analysis. Any research project that generates a list of genes can take advantage of this visualization framework. Enrichment Map is implemented as a freely available and user friendly plug-in for the Cytoscape network visualization software (http://baderlab.org/Software/EnrichmentMap/).

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La notice

Revue: PLoS ONE
Thématique: Bioinformatics and Genomic Networks
Domaine: Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
Établissements canadiens: University of Toronto
Organismes subventionnaires: National Human Genome Research InstituteNational Institutes of HealthHospital for Sick ChildrenGenome CanadaOntario GenomicsOntario Genomics InstituteHeart and Stroke Foundation of Canada
Mots-clés: VisualizationComputer scienceRedundancy (engineering)Gene regulatory networkSet (abstract data type)Data miningSoftwareGene expression profilingGeneComputational biologyBiologyGeneticsGene expressionProgramming language
Résumé présent dans OpenAlex: oui
API: /api/v1/works/W2097948046