Barcoding ciliates: a comprehensive study of 75 isolates of the genus Tetrahymena
Notice bibliographique
Résumé
The mitochondrial cytochrome-c oxidase subunit 1 (cox1) gene has been proposed as a DNA barcode to identify animal species. To test the applicability of the cox1 gene in identifying ciliates, 75 isolates of the genus Tetrahymena and three non-Tetrahymena ciliates that are close relatives of Tetrahymena, Colpidium campylum, Colpidium colpoda and Glaucoma chattoni, were selected. All tetrahymenines of unproblematic species could be identified to the species level using 689 bp of the cox1 sequence, with about 11 % interspecific sequence divergence. Intraspecific isolates of Tetrahymena borealis, Tetrahymena lwoffi, Tetrahymena patula and Tetrahymena thermophila could be identified by their cox1 sequences, showing <0.65 % intraspecific sequence divergence. In addition, isolates of these species were clustered together on a cox1 neighbour-joining (NJ) tree. However, strains identified as Tetrahymena pyriformis and Tetrahymena tropicalis showed high intraspecific sequence divergence values of 5.01 and 9.07 %, respectively, and did not cluster together on a cox1 NJ tree. This may indicate the presence of cryptic species. The mean interspecific sequence divergence of Tetrahymena was about 11 times greater than the mean intraspecific sequence divergence, and this increased to 58 times when all isolates of species with high intraspecific sequence divergence were excluded. This result is similar to DNA barcoding studies on animals, indicating that congeneric sequence divergences are an order of magnitude greater than conspecific sequence divergences. Our analysis also demonstrated low sequence divergences of <1.0 % between some isolates of T. pyriformis and Tetrahymena setosa on the one hand and some isolates of Tetrahymena furgasoni and T. lwoffi on the other, suggesting that the latter species in each pair is a junior synonym of the former. Overall, our study demonstrates the feasibility of using the mitochondrial cox1 gene as a taxonomic marker for 'barcoding' and identifying Tetrahymena species and some other ciliated protists.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».