Cysteine- rich secretory protein 3 (CRISP3), ERG and PTEN define a molecular subtype of prostate cancer with implication to patients’ prognosis
Notice bibliographique
Résumé
Cysteine- rich secretory protein 3 (CRISP3) prognostic significance in prostate cancer (PCA) has generated mixed result. Herein, we investigated and independently validated CRISP3 expression in relation to ERG and PTEN genomic aberrations and clinical outcome. CRISP3 protein expression was examined by immunohistochemistry using a cohort of patients with localized PCA (n = 215) and castration resistant PCA (CRPC) (n = 46). The Memorial Sloan Kettering (MSKCC) and Swedish cohorts were used for prognostic validation. Results showed, CRISP3 protein intensity to be significantly associated with neoplastic epithelium, being highest in CRPC vs. benign prostate tissue (p < 0.0001), but was not related to Gleason score (GS). CRISP3 mRNA was significantly associated with higher GS (p = 0.022 in MSKCC, p = 1.1e-4 in Swedish). Significant association between CRISP3 expression and clinical outcome was documented at the mRNA but not the protein expression levels. CRISP3 mRNA expression was related to biochemical recurrence in the MSKCC (p = 0.038) and lethal disease in the Swedish cohort (p = 0.0086) and retained its prognostic value in the subgroup of patients with GS 6 & 7. Furthermore, CRISP3 protein and mRNA expression was significantly associated with positive ERG status and with PTEN deletions. Functional biology analysis documented phenylalanine metabolism as the most significant pathway governing high CRISP3 and ERG expression in this subtype of PCA. In conclusion, the combined status of CRISP3, ERG and PTEN define a molecular subtype of PCA with poorest and lethal outcome. Assessing their combined value may be of added value in stratifying patients into different prognostic groups and identify those with poorest clinical outcome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».