Molecular phylogeny, biogeography and speciation of the mushroom species Pleurotus cystidiosus and allied taxa
Notice bibliographique
Résumé
Members of the mushroom genus Pleurotus form a heterogeneous group of edible species of high commercial importance. Subgenus Coremiopleurotus includes taxa that produce synnematoid fructifications (anamorphic state). Several species, subspecies and varieties have been described in Coremiopleurotus: These taxa are discriminated by minute morphological differences and correspond to Pleurotus cystidiosus sensu lato. A worldwide geographical sampling of Coremiopleurotus taxa and nucleotide sequence data from the internal transcribed spacer of the nuclear rRNA genes (ITS) were used to produce a molecular phylogeny for the group. Also conducted were new interfertility studies, and a summary of the mating data currently available in the literature is provided. Both ITS phylogeny and mating data supported the distinction between Pleurotus australis (a species apparently endemic to New Zealand and Australia) and P. cystidiosus sensu lato. Within P. cystidiosus sensu lato, ITS phylogeny showed a deep split between Old and New World isolates and clearly distinguished four distinct clades that strongly corresponded to the geographical origin of the strains. In the Old World, one clade is composed of isolates from Europe and Africa, and one clade is composed of isolates from Asia (including collections from Hawaii). In the New World, one clade is restricted to isolates from Mexico, and one clade includes all the authors' North America isolates, one collection from Japan and one collection from South Africa. Mating data revealed a high level of interfertility among strains of P. cystidiosus sensu lato, except that isolates from Mexico were nearly fully intersterile with the other collections. Nucleotide sequence divergence in the ITS1-5.8S rDNA-ITS2 regions among intercompatible P. cystidiosus collections was very high (0-6.9 %) in comparison to that reported in other biological species of basidiomycetes (0-3 %), indicating significant genetic divergence between geographically isolated populations of the P. cystidiosus group. The phylogenetic species concept, as well as molecular, mating and geographical evidence, was used to recognize five species in the subgenus Coremiopleurotus: P. australis (in New Zealand and Australia), Pleurotus abalonus (in Asia and Hawaii), Pleurotus fuscosquamulosus (in Africa and Europe), Pleurotus smithii (in Mexico) and Pleurotus cystidiosus sensu stricto (in North America). However, geographical boundaries between these species are not strict, as rare events of long distance dispersal have occurred.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».