The long non-coding RNA PCGEM1 is regulated by androgen receptor activity in vivo
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Long non-coding RNAs (lncRNAs) can orchestrate oncogenic or tumor-suppressive functions in cancer biology. Accordingly, PCGEM1 and PRNCR1 were implicated in progression of prostate cancer (PCa) as transcriptional co-regulators of the androgen receptor (AR). However, these findings were recently refuted asserting that neither gene physically binds to the AR. Despite evidence for differing AR transcriptional programs in vivo and in vitro, studies investigating AR-regulation of these genes hitherto have only been conducted in vitro. Here, we further examine the relevance of PCGEM1 and PRNCR1 in PCa, and their relationship with AR signaling, using patient-derived xenograft models. FINDINGS: RNA sequencing of two distinct androgen-dependent models shows PCGEM1 to be considerably expressed, while PRNCR1 showed scant basal expression. PCGEM1 was sharply down-regulated following castration and up-regulated upon AR activation in vivo. However, we found no parallel evidence following AR stimulation in vitro. A PCGEM1-associated gene expression signature (PES) was significantly repressed in response to androgen ablation therapy and in hormone-refractory versus hormone-naïve PCa patients. Furthermore, we found PCGEM1 was uniformly distributed in PCa cell nucleus and cytoplasm which remained unaltered upon AR transcriptional activation. PCGEM1 was up-regulated in primary PCa but not in metastasized PCa. Accordingly, the PES was significantly down-regulated in advanced and higher grade PCa patients from multiple independent studies. CONCLUSION: Our results demonstrate PCGEM1 as an in vivo androgen-regulated transcript with potential nuclear and/or cytoplasmic function(s). Importantly, the clinical expression profile of PCGEM1 implicates it in the early stages of PCa warranting further research in this direction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».