DNA barcoding facilitates description of unknown faunas: a case study on Trichoptera in the headwaters of the Tigris River, Iraq
Notice bibliographique
Résumé
Monitoring water quality with aquatic insects as sentinels requires taxonomic knowledge of adult and immature life stages that is not available in many parts of the world. We used deoxyribonucleic acid (DNA) barcoding to expedite identification of larval caddisflies from 20 sites in the headwaters of the Tigris River in northern Iraq by comparing their mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) sequences to a global reference library (the Trichoptera Barcode of Life). We obtained full-length DNA barcodes for 16 COI haplogroups from 11 genera in 9 Trichoptera families. The most haplogroups and genera were recorded from Sulaimani Province. Two distinct COI haplogroups were found for the genus Psychomyia, and 5 haplogroups were found for Hydropsyche. The Hydropsyche COI haplogroups do not form a monophyletic clade with reference to the world fauna, but 4 out of 5 haplogroups are related to other Palearctic species. Three larval Rhyacophila specimens in a single COI haplogroup are closely related to specimens of Rhyacophila nubila Zetterstedt and Rhyacophila dorsalis (Curtis) from Europe, but adults from Iraq are needed to confirm their species identity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».