MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2098483742 · doi:10.1128/jvi.01819-07

Proteomic Studies Reveal Coordinated Changes in T-Cell Expression Patterns upon Infection with Human Immunodeficiency Virus Type 1

2008· article· en· W2098483742 sur OpenAlexaff
Jeffrey H. Ringrose, Rienk E. Jeeninga, Ben Berkhout, Dave Speijer

Notice bibliographique

RevueJournal of Virology · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensInstitute of Infection and Immunity
Organismes subventionnairesKWF Kankerbestrijding
Mots-clésBiologyProteomicsDownregulation and upregulationVirusHuman immunodeficiency virus (HIV)IntracellularMicroarrayCellVirologyMolecular biologyDifference gel electrophoresisMicroarray analysis techniquesGene expressionCell biologyGeneBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We performed an extensive two-dimensional differential in-gel electrophoresis proteomic analysis of the cellular changes in human T cells upon human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) infection. We detected 2,000 protein spots, 15% of which were differentially expressed at peak infection. A total of 93 proteins that changed in relative abundance were identified. Of these, 27 were found to be significantly downregulated and 66 were upregulated at peak HIV infection. Early in infection, only a small group of proteins was changed. A clear and consistent program of metabolic rerouting could be seen, in which glycolysis was downregulated and mitochondrial oxidation enhanced. Proteins that participate in apoptotic signaling were also significantly influenced. Apart from these changes, the virus also strongly influenced levels of proteins involved in intracellular transport. These and other results are discussed in light of previous microarray and proteomic studies regarding the impact of HIV-1 infection on cellular mRNA and protein content.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,259
Score d'incertitude au seuil0,360

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations83
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of VirologyMême sujetHIV Research and TreatmentTravaux en français237 207