DNA Oligonucleotide−<i>cis</i>-Platin Binding: Ab Initio Interpretation of the Vibrational Spectra
Notice bibliographique
Résumé
The cis-platin binding to the d(CCTGGTCC)*d(GGACCAGG) model DNA octamer was monitored with infrared absorption (IR) and vibrational circular dichroism (VCD) spectroscopies. The spectra were modeled with the aid of density functional computations and a Cartesian coordinate-based transfer of molecular property tensors from smaller DNA fragments. Because of the fragmentation, the tensors could be calculated with a higher precision. Environmental effects, such as the presence of the solvent or the cis-platin ligand, could be included in the modeling. The solvent was modeled by an explicit inclusion of hydrogen-bound water molecules, positions of which were estimated from a molecular dynamics simulation, or by the polarized continuum COSMO model. The B3LYP and BPW91 functionals used for the calculations of the spectral parameters were combined with the relativistic LANL2DZ platinum pseudo-potentials. The simulations reproduced the main IR and VCD DNA spectral features and explained most of the changes observed experimentally upon metal binding. The results confirmed that the influence of the ligand on DNA vibrational properties is quite complex; it originates in the geometry deformation and normal mode coupling pattern changes of the platinated octamer, as well as in local perturbations of the electronic structure and force field of the GC base pairs to which the platinum is bound. Many of the local effects could be accounted for by a point charge used in place of the metal in the GC complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».