Widespread and extensive lengthening of 3′ UTRs in the mammalian brain
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,301 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Remarkable advances in techniques for gene expression profiling have radically changed our knowledge of the transcriptome. Recently, the mammalian brain was reported to express many long intergenic noncoding (lincRNAs) from loci downstream from protein-coding genes. Our experimental tests failed to validate specific accumulation of lincRNA transcripts, and instead revealed strongly distal 3' UTRs generated by alternative cleavage and polyadenylation (APA). With this perspective in mind, we analyzed deep mammalian RNA-seq data using conservative criteria, and identified 2035 mouse and 1847 human genes that utilize substantially distal novel 3' UTRs. Each of these extends at least 500 bases past the most distal 3' termini available in Ensembl v65, and collectively they add 6.6 Mb and 5.1 Mb to the mRNA space of mouse and human, respectively. Extensive Northern analyses validated stable accumulation of distal APA isoforms, including transcripts bearing exceptionally long 3' UTRs (many >10 kb and some >18 kb in length). The Northern data further illustrate that the extensions we annotated were not due to unprocessed transcriptional run-off events. Global tissue comparisons revealed that APA events yielding these extensions were most prevalent in the mouse and human brain. Finally, these extensions collectively contain thousands of conserved miRNA binding sites, and these are strongly enriched for many well-studied neural miRNAs. Altogether, these new 3' UTR annotations greatly expand the scope of post-transcriptional regulatory networks in mammals, and have particular impact on the central nervous system.
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La notice
- Revue
- Genome Research
- Thématique
- Cancer-related molecular mechanisms research
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Burroughs Wellcome FundNational Human Genome Research InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthNational Institute of General Medical SciencesNew York State Stem Cell Science
- Mots-clés
- BiologyPolyadenylationUntranslated regionGenemicroRNATranscriptomeEnsemblComputational biologyThree prime untranslated regionGeneticsGene isoformGene expressionRNAGenomicsGenome
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui