Analysis of the fungal, archaeal and bacteriophage diversity in the human distal gut
Notice bibliographique
Résumé
The composition and role of bacteria in the human gut has been studied intensely and is a burgeoning field of scientific research. However, there is a relative lack of research on other microorganisms which compose our gut flora such as bacteriophage, archaea and fungi. The aim of our study was to begin to fill this gap. The archaeal, fungal and bacteriophage diversity in the gut was analyzed using a PCR-DGGE fingerprinting method on fecal samples from 3 healthy donors. These samples were inoculated into chemostats and the microbes were grown in continuous culture to model the interactions of our flora in vitro. Norepinephrine was also added to the chemostats to test the microbial community’s reaction to stress. Here we report that, relative to bacteria, fungal and archaeal diversity in the gut is low. The archaeal populations seemed stable over time varied depending on the individual. Fungal populations were more variable over time and changes in the community structure were observed after the addition of norepinephrine. DNA sequence analysis confirmed the presence of fungal species that are not yet cultured, yet are residents of the gut. Species of Podophage can also be detected as residents of the gut based on sequence analysis. It is clear that there is a core set of archaeal and fungal species living as residents in the gut. Bacteriophage are also present but their ecological role and effect on the microbial community in the gut is unknown.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».