Modulation of <i>Leishmania</i> ABC Protein Gene Expression through Life Stages and among Drug-Resistant Parasites
Notice bibliographique
Résumé
The ATP-binding cassette (ABC) protein superfamily is one of the largest evolutionarily conserved families and is found in all kingdoms of life. The recent completion of the Leishmania genome sequence allowed us to analyze and classify its encoded ABC proteins. The complete sequence predicts a data set of 42 open reading frames (ORFs) coding for proteins belonging to the ABC superfamily, with representative members of every major subfamily (from ABCA to ABCH) commonly found in eukaryotes. Comparative analysis showed that the same ABC data set is found between Leishmania major and Leishmania infantum and that some orthologues are found in the genome of the related parasites Trypanosoma brucei and Trypanosoma cruzi. Customized DNA microarrays were made to assess ABC gene expression profiling throughout the two main Leishmania life stages. Two ABC genes (ABCA3 and ABCG3) are preferentially expressed in the amastigote stage, whereas one ABC gene (ABCF3) is more abundantly expressed in promastigotes. Microarray-based expression profiling experiments also revealed that three ABC genes (ABCA3, ABCC3, and ABCH1) are overexpressed in two independent antimony-resistant strains compared to the parental sensitive strain. All microarray results were confirmed by real-time reverse transcription-PCR assays. The present study provides a thorough phylogenic classification of the Leishmania ABC proteins and sets the basis for further functional studies on this important class of proteins.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».