Transcriptome Analysis of the Circadian Regulatory Network in the Coral <i>Acropora millepora</i>
Notice bibliographique
Résumé
Entrained circadian rhythms control many biological processes. These cyclical systems are synchronized by environmental signals but continue to free run for a considerable time when the synchronizing stimuli are removed. In scleractinian corals that reproduce by broadcast spawning, timing processes are essential in ensuring successful fertilization. It is not known whether spawn timing is regulated directly by environmental signals or if it is entrained and regulated by circadian or circalunar rhythms. The genetic components of circadian systems have been studied in considerable detail in microbes, plants, and animals. To identify potential participants in regulating scleractinian circadian systems, we have undertaken a bioinformatic analysis of the transcriptome of larvae of the coral Acropora millepora. Acropora contigs assembled from more than 600,000 sequencing reads from larval mRNA were searched via NCBI BLAST for matches to 24 key insect and mammalian circadian genes. Matches were found to all queried genes, with 22 of 24 of these matches having strong confidence levels. An Acropora match to the nonvisual photoreceptor melanopsin was also identified. The high level of conservation of circadian gene networks implies that the regulatory interactions between pathway members are also likely to be conserved and to regulate entrained processes in corals.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».