Coding Gene Single Nucleotide Polymorphism Mapping and Quantitative Trait Loci Detection for Physiological Reproductive Traits in Brook Charr,<i>Salvelinus fontinalis</i>
Notice bibliographique
Résumé
A linkage map of 40 linkage groups (LGs) was developed for brook charr, Salvelinus fontinalis, using an F(2) interstrain hybrid progeny (n = 171) and 256 coding gene SNP developed specifically for brook charr and validated from a large (>1000) subset of putative SNP, as well as 81 microsatellite markers. To identify quantitative trait loci (QTL) related to reproduction functions, these fish were also phenotyped at six physiological traits, including spermatozoid head diameter, sperm concentration, plasma testosterone, plasma 11-keto-testosterone, egg diameter, and plasma 17β-estradiol. Five significant QTL were detected over four LGs for egg diameter and plasma 17β-estradiol concentration in females, and sperm concentration as well as spermatozoid head diameter in males. In females, two different QTLs located on LG 11 and LG 34 were associated with the egg number, whereas one QTL was associated with plasma 17β-estradiol concentration (LG 8). Their total percent variance explained (PVE) was 26.7% and 27.6%, respectively. In males, two QTL were also detected for the sperm concentration, and their PVE were estimated at 18.58% and 14.95%, respectively. The low QTL number, associated with the high PVE, suggests that the variance in these reproductive physiological traits was either under the control of one major gene or a small number of genes. The QTL associated with sperm concentration, plasma 17β-estradiol, and egg diameter appeared to be under a dominance effect, whereas the two others were under a negative additive effect. These results show that genes underlying the phenotypic variance of these traits are under different modes of action (additive vs. dominance) and may be used to predict an increase or a decrease in their phenotypic values in subsequent generations of selective breeding. Moreover, this newly developed panel of mapped SNP located in coding gene regions will be useful for screening wild populations, especially in the context of investigating the genetic impact of massive stocking of domestic brook charr to support the angling industry throughout eastern North America.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».