Phosphorylation in the serine/threonine 2609–2647 cluster promotes but is not essential for DNA-dependent protein kinase-mediated nonhomologous end joining in human whole-cell extracts
Notice bibliographique
Résumé
Previous work suggested that phosphorylation of DNA-PKcs at several serine/threonine (S/T) residues at positions 2609-2647 promotes DNA-PK-dependent end joining. In an attempt to clarify the role of such phosphorylation, end joining was examined in extracts of DNA-PKcs-deficient M059J cells. Joining of ends requiring gap filling prior to ligation was completely dependent on complementation of these extracts with exogenous DNA-PKcs. DNA-PKcs with either S/T --> A or S/T --> D substitutions at all six sites in the 2609-2647 cluster also supported end joining, but with markedly lower efficiency than wild-type protein. The residual end joining was greater with the S/T --> D-substituted than with the S/T --> A-substituted protein. A specific inhibitor of the kinase activity of DNA-PK, KU57788, completely blocked end joining promoted by wild type as well as both mutant forms of DNA-PK, while inhibition of ATM kinase did not. The fidelity of end joining was not affected by the mutant DNA-PKcs alleles or the inhibitors. Overall, the results support a role for autophosphorylation of the 2609-2647 cluster in promoting end joining and controlling the accessibility of DNA ends, but suggest that DNA-PK-mediated phosphorylation at other sites, on either DNA-PKcs or other proteins, is at least as important as the 2609-2647 cluster in regulating end joining.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».