Identification of Differentially Expressed Long Noncoding RNAs in Bladder Cancer
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Loss of epigenetic gene regulation through altered long noncoding RNA (lncRNA) expression seems important in human cancer. LncRNAs have diagnostic and therapeutic potential, and offer insights into the biology disease, but little is known of their expression in urothelial cancer. Here, we identify differentially expressed lncRNAs with potential regulatory functions in urothelial cancer. EXPERIMENTAL DESIGN: The expression of 17,112 lncRNAs and 22,074 mRNAs was determined using microarrays in 83 normal and malignant urothelial (discovery) samples and selected RNAs with qPCR in 138 samples for validation. Significantly differentially expressed RNAs were identified and stratified according to tumor phenotype. siRNA knockdown, functional assays, and whole-genome transcriptomic profiling were used to identify potential roles of selected lncRNAs. RESULTS: We observed upregulation of many lncRNAs in urothelial cancer that was distinct to corresponding, more balanced changes for mRNAs. In general, lncRNA expression reflected disease phenotype. We identified 32 lncRNAs with potential roles in disease progression. Focusing upon a promising candidate, we implicate upregulation of AB074278 in apoptosis avoidance and the maintenance of a proproliferative state in cancer through a potential interaction with EMP1, a tumor suppressor and a negative regulator of cell proliferation. CONCLUSIONS: We report differential expression profiles for numerous lncRNA in urothelial cancer. We identify phenotype-specific expression and a potential mechanistic target to explain this observation. Further studies are required to validate lncRNAs as prognostic biomarkers in this disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».