Use of Genetic Distance as a Measure of Ongoing Transmission of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The stability of the genotypic marker IS6110, used to define the epidemiology of Mycobacterium tuberculosis, is one of the most important factors influencing the interpretation of DNA fingerprint data. We propose that evolved strains should be considered together with clustered strains to represent chains of ongoing transmission. For the present study we used a large set of fingerprint data for strains collected between 1992 and 1998 from residents of a community with a high incidence of tuberculosis in Cape Town, South Africa. Interstrain genetic distances were calculated by counting the banding pattern mismatches in the IS6110 DNA fingerprints of different isolates. These data demonstrate that the propensity to change by one or two bands is independent of the IS6110 copy number. Hence, the genetic distance between pairs of isolates can be simply expressed as the number of differences in the banding patterns. From this foundation, a data set which identifies newly evolved strains has been generated. Inclusion of these evolved strains into various molecular epidemiological calculations significantly increased the estimate of ongoing transmission in this study setting. The indication is that nearly all cases of tuberculosis in this community are due to ongoing transmission. This has important implications for tuberculosis control, as it indicates that the control measures used at present are unable to reduce the level of transmission. This technique may also be applicable to the study of low-incidence tuberculosis outbreaks as well as the analysis of epidemiological data from other disease epidemics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».