Quantitative assay for the detection of the V617F variant in the Janus kinase 2 (JAK2) gene using the Luminex xMAP technology
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The availability of clinically valid biomarkers contribute to improve the diagnosis and clinical management of diseases. A valine-to-phenylalanine substitution at position 617 (V617F) in the Janus kinase 2 (JAK2) gene has been recently associated with key signaling abnormalities in the transduction of haemopoietic growth-factor receptors and is now considered as a useful clinical marker of myeloproliferative neoplasms. Several methods have recently been reported to detect the JAK2 V617F point mutation and show variable sensitivity. METHODS: Using the Luminex xMAP technology, we developed a quantitative assay to detect the JAK2V617F variant. The method was based on polymerase chain reaction (PCR) followed by hybridization to specific probes coupled with internally dyed microspheres. The assay comprises 3 steps: genomic DNA extraction, end point PCR reaction, direct hybridization of PCR fragments and quantification. It has been tested with different sources of nucleic acid. RESULTS: Applied to whole blood samples, this quantitative assay showed a limit of detection of 2%. A highly sensitive allele-specific primer extension reaction performed in parallel allowed to validate the results and to identify the specimens with values below 2%. CONCLUSION: Direct hybridization assay using the Luminex xMAP technology allows sensitive quantification of JAK2V617F from blood spots. It is simple and can be easily performed in a clinical setting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».