Quantitative assay for the detection of the V617F variant in the Janus kinase 2 (JAK2) gene using the Luminex xMAP technology
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The availability of clinically valid biomarkers contribute to improve the diagnosis and clinical management of diseases. A valine-to-phenylalanine substitution at position 617 (V617F) in the Janus kinase 2 (JAK2) gene has been recently associated with key signaling abnormalities in the transduction of haemopoietic growth-factor receptors and is now considered as a useful clinical marker of myeloproliferative neoplasms. Several methods have recently been reported to detect the JAK2 V617F point mutation and show variable sensitivity. METHODS: Using the Luminex xMAP technology, we developed a quantitative assay to detect the JAK2V617F variant. The method was based on polymerase chain reaction (PCR) followed by hybridization to specific probes coupled with internally dyed microspheres. The assay comprises 3 steps: genomic DNA extraction, end point PCR reaction, direct hybridization of PCR fragments and quantification. It has been tested with different sources of nucleic acid. RESULTS: Applied to whole blood samples, this quantitative assay showed a limit of detection of 2%. A highly sensitive allele-specific primer extension reaction performed in parallel allowed to validate the results and to identify the specimens with values below 2%. CONCLUSION: Direct hybridization assay using the Luminex xMAP technology allows sensitive quantification of JAK2V617F from blood spots. It is simple and can be easily performed in a clinical setting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».