Lateral Gene Transfer of a Multigene Region from Cyanobacteria to Dinoflagellates Resulting in a Novel Plastid-Targeted Fusion Protein
Notice bibliographique
Résumé
The number of cases of lateral or horizontal gene transfer in eukaryotic genomes is growing steadily, but in most cases, neither the donor nor the recipient is known, and the biological implications of the transfer are not clear. We describe a relatively well-defined case of transfer from a cyanobacterial source to an ancestor of dinoflagellates that diverged before Oxyrrhis but after Perkinsus. This case is also exceptional in that 2 adjacent genes, a paralogue of the shikimate biosynthetic enzyme AroB and an O-methyltransferase (OMT) were transferred together and formed a fusion protein that was subsequently targeted to the dinoflagellate plastid. Moreover, this fusion subsequently reverted to 2 individual genes in the genus Karlodinium, but both proteins maintained plastid localization with the OMT moiety acquiring its own plastid-targeting peptide. The presence of shikimate biosynthetic enzymes in the plastid is not unprecedented as this is a plastid-based pathway in many eukaryotes, but this species of OMT has not been associated with the plastid previously. It appears that the OMT activity was drawn into the plastid simply by virtue of its attachment to the AroB paralogue resulting from their cotransfer and once in the plastid performed some essential function so that it remained plastid targeted after it separated from AroB. Gene fusion events are considered rare and likely stable, and such an event has recently been used to argue for a root of the eukaryotic tree. Our data, however, show that exact reversals of fusion events do take place, and hence gene fusion data are difficult to interpret without knowledge of the phylogeny of the organisms--therefore their use as phylogenetic markers must be considered carefully.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».