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Enregistrement W2100019242 · doi:10.1534/genetics.106.058834

Genetic Interactions Between TFIIF and TFIIS

2006· article· en· W2100019242 sur OpenAlexaff
Rachel N Fish, Michelle L. Ammerman, Judith K. Davie, Betty Lu, Cindy C. Pham, LeAnn J. Howe, Alfred S. Ponticelli, Caroline M. Kane

Notice bibliographique

RevueGenetics · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBiologyGeneticsGeneMutantSaccharomyces cerevisiaeFungal protein

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The eukaryotic transcript elongation factor TFIIS is encoded by a nonessential gene, PPR2, in Saccharomyces cerevisiae. Disruptions of PPR2 are lethal in conjunction with a disruption in the nonessential gene TAF14/TFG3. While investigating which of the Taf14p-containing complexes may be responsible for the synthetic lethality between ppr2Delta and taf14Delta, we discovered genetic interactions between PPR2 and both TFG1 and TFG2 encoding the two larger subunits of the TFIIF complex that also contains Taf14p. Mutant alleles of tfg1 or tfg2 that render cells cold sensitive have improved growth at low temperature in the absence of TFIIS. Remarkably, the amino-terminal 130 amino acids of TFIIS, which are dispensable for the known in vitro and in vivo activities of TFIIS, are required to complement the lethality in taf14Delta ppr2Delta cells. Analyses of deletion and chimeric gene constructs of PPR2 implicate contributions by different regions of this N-terminal domain. No strong common phenotypes were identified for the ppr2Delta and taf14Delta strains, implying that the proteins are not functionally redundant. Instead, the absence of Taf14p in the cell appears to create a dependence on an undefined function of TFIIS mediated by its N-terminal region. This region of TFIIS is also at least in part responsible for the deleterious effect of TFIIS on tfg1 or tfg2 cold-sensitive cells. Together, these results suggest a physiologically relevant functional connection between TFIIS and TFIIF.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,483
Score d'incertitude au seuil0,628

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,276
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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