Quantitative Fluorescence <i>In Situ</i> Hybridization of Microbial Communities in the Rumens of Cattle Fed Different Diets
Notice bibliographique
Résumé
At present there is little quantitative information on the identity and composition of bacterial populations in the rumen microbial community. Quantitative fluorescence in situ hybridization using newly designed oligonucleotide probes was applied to identify the microbial populations in liquid and solid fractions of rumen digesta from cows fed barley silage or grass hay diets with or without flaxseed. Bacteroidetes, Firmicutes, and Proteobacteria were abundant in both fractions, constituting 31.8 to 87.3% of the total cell numbers. They belong mainly to the order Bacteroidales (0.1 to 19.2%), hybridizing with probe BAC1080; the families Lachnospiraceae (9.3 to 25.5%) and Ruminococcaceae (5.5 to 23.8%), hybridizing with LAC435 and RUM831, respectively; and the classes Deltaproteobacteria (5.8 to 28.3%) and Gammaproteobacteria (1.2 to 8.2%). All were more abundant in the rumen communities of cows fed diets containing silage (75.2 to 87.3%) than in those of cows fed diets containing hay (31.8 to 49.5%). The addition of flaxseed reduced their abundance in the rumens of cows fed silage-based diets (to 45.2 to 58.7%) but did not change markedly their abundance in the rumens of cows fed hay-based diets (31.8 to 49.5%). Fibrolytic species, including Fibrobacter succinogenes and Ruminococcus spp., and archaeal methanogens accounted for only a small proportion (0.4 to 2.1% and 0.2 to 0.6%, respectively) of total cell numbers. Depending on diet, between 37.0 and 91.6% of microbial cells specifically hybridized with the probes used in this study, allowing them to be identified in situ. The identities of other microbial populations (8.4 to 63.0%) remain unknown.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».