A comparative study of <b> <i>Bacillus cereus</i> </b> , <b> <i>Bacillus thuringiensis</i> </b> and <b> <i>Bacillus anthracis</i> </b> extracellular proteomes
Notice bibliographique
Résumé
Bacillus cereus, Bacillus thuringiensis and Bacillus anthracis are closely related species that share a similar genetic background but occupy different ecological niches. Virulence plasmids bearing genes coding for toxins, may explain, at least partly, this specialization. We have compared by 2-DE in the early stationary phase of growth the extracellular proteomes of three strains of these species that have lost their virulence plasmids. Proteins expected to be secreted or to belong to the cell wall or to the cytosol were found in the three proteomes. For the cell wall and cytosolic proteins located in the extracellular space, the three proteomes were similar. Cytosolic proteins included enolase, GroEL, PdhB, PdhD, SodA and others. Cell surface proteins were mainly autolysins, proteases, nucleotidases and OppAs. In contrast, the secreted proteins profiles of B. cereus and B. thuringiensis were quite different from that of B. anthracis. B. cereus and B. thuringiensis extracellular proteomes both contained large amounts of secreted degradative enzymes and toxins, including nine proteases, three phospholipases, two haemolysins and several enterotoxins. Most of the genes encoding these enzymes and toxins are controlled by the transcriptional activator PlcR. The extracellular proteome of the pXO1-, pXO2- B. anthracis 9131 strain contained only one secreted protein: the metalloprotease InhA1, also found in the proteomes of the two other strains and possibly involved in antibacterial peptide degradation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».