‘ <i>De novo</i> ’ sequencing of Atlantic cod vitellogenin tryptic peptides by matrix‐assisted laser desorption/ionization quadrupole time‐of‐flight tandem mass spectrometry: similarities with haddock vitellogenin
Notice bibliographique
Résumé
Vitellogenin is a protein produced by the liver of oviparous animals in response to circulating estrogens. The amino acid sequence of vitellogenin from Atlantic cod (Gadus morhua) has not yet been determined. In this study Atlantic cod vitellogenin was characterized using a 'bottom-up' mass spectrometric approach. Vitellogenin synthesis was induced 'in vivo' with beta-estradiol, and subjected to trypsin digestion for characterization by matrix-assisted laser desorption/ionization quadrupole time-of-flight tandem mass spectrometry. A peptide mass fingerprint was obtained and 'de novo' sequencing of the most abundant tryptic peptides was performed by low-energy collision-induced dissociation tandem mass spectrometry. As a result of these experiments, the sequences of various tryptic peptides have been elucidated. The database search has shown that Atlantic cod vitellogenin shares a series of common peptides with the two different known vitellogenin sequences of haddock, a closely related species. These findings allow us to propose that Atlantic cod might also co-express at least two distinct forms of vitellogenin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».