Itch-Associated Peptides: RNA-Seq and Bioinformatic Analysis of Natriuretic Precursor Peptide B and Gastrin Releasing Peptide in Dorsal Root and Trigeminal Ganglia, and the Spinal Cord
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Three neuropeptides, gastrin releasing peptide (GRP), natriuritic precursor peptide B (NPPB), and neuromedin B (NMB) have been proposed to play roles in itch sensation. However, the tissues in which these peptides are expressed and their positions in the itch circuit has recently become the subject of debate. Here we used next-gen RNA-Seq to examine the expression of transcripts coding for GRP, NPPB, NMB, and other peptides in DRG, trigeminal ganglion, and the spinal cord as well as expression levels for their cognate receptors in these tissues. RESULTS: RNA-Seq demonstrates that GRP is not transcribed in mouse, rat, or human sensory ganglia. NPPB, which activates natriuretic peptide receptor 1 (NPR1), is well expressed in mouse DRG and less so in rat and human, whereas NPPA, which also acts on the NPR1 receptor, is expressed in all three species. Analysis of transcripts expressed in the spinal cord of mouse, rat, and human reveals no expression of Nppb, but unambiguously detects expression of Grp and the GRP-receptor (Grpr). The transcripts coding for NMB and tachykinin peptides are among the most highly expressed in DRG. Bioinformatics comparisons using the sequence of the peptides used to produce GRP-antibodies with proteome databases revealed that the C-terminal primary sequence of NMB and Substance P can potentially account for results from previous studies which showed GRP-immunostaining in the DRG. CONCLUSIONS: RNA-Seq corroborates a primary itch afferent role for NPPB in mouse and potentially NPPB and NPPA in rats and humans, but does not support GRP as a primary itch neurotransmitter in mouse, rat, or humans. As such, our results are at odds with the initial proposal of Sun and Chen (2007) that GRP is expressed in DRG. By contrast, our data strongly support an itch pathway where the itch-inducing actions of GRP are exerted through its release from spinal cord neurons.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».