A PCR-based method to detect species of <i>Gondwanamyces</i> and <i>Ophiostoma</i> on surfaces of insects colonizing <i>Protea</i> flowers
Notice bibliographique
Résumé
Flower heads of economically important members of the genus Protea L. mature into conspicuous, often long-lived infructescences, which in South Africa are commonly colonized by species of the ophiostomatoid fungi Gondwanamyces G.J. Marais & M.J. Wingfield and Ophiostoma Syd. & P. Syd. It is suspected that these fungi are transported between infructescences by insects. To develop techniques that would enable detection of ophiostomatoid fungi on insects, primers GPR1 and OSP1 were designed based on unique 28S ribosomal DNA sequences of Gondwanamyces and Ophiostoma from Protea. Multiplex polymerase chain reaction of these primers, combined with universal primer LR6, yielded fragment lengths of 885 and 637 bp. Positive amplification was achieved from as little as 30 and 45 pg of fungal genomic DNA for Gondwanamyces and Ophiostoma, respectively, and fragments of identical lengths were amplified from insects artificially inoculated with these fungi. No other tested fungal species showed amplification with GPR1 or OSP1 and LR6. Using these primers two insect species ( Genuchus hottentottus Fabricius and Oxycarenus maculates Stal.) collected from Protea repens L. infructescences were confirmed as carriers of Gondwanamyces proteae (M.J. Wingfield et al.) G.J. Marais & M.J. Wingfield and Ophiostoma splendens G.J. Marais & M.J. Wingfield, respectively. The method developed in this study represents a rapid detection system that can be used to understand the relationship between insects and ophiostomatoid fungi found associated with flowers of South African species of Protea .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».