Golgi and Related Vesicle Proteomics: Simplify to Identify
Notice bibliographique
Résumé
Despite more than six decades of successful Golgi research, the fundamental question as to how biosynthetic material is transported through the secretory pathway remains unanswered.New technologies such as live cell imaging and correlative microscopy have highlighted the plastic nature of the Golgi, one that is sensitive to perturbation yet highly efficient in regaining both structure and function.Single molecule-microscopy and super resolution-microscopy further adds to this picture.Various models for protein transport have been put forward, each with its own merits and pitfalls but we are far from resolving whether one is more correct than the other.As such, our laboratory considers multiple mechanisms of Golgi transport until proven otherwise.This includes the two classical modes of transport, vesicular transport and cisternal progression/maturation as well as more recent models such as tubular inter-and intra-cisternal connections (long lasting or transient) and inter-Golgi stack transport.In this article, we focus on an emerging inductive technology, mass spectrometry-based proteomics that has already enabled insight into the relative composition of compartments and subcompartments of the secretory pathway including mechanistic aspects of protein transport.We note that proteomics, as with any other technology, is not a stand-alone technology but one that works best alongside complementary approaches. PROTEOMICS AS A TECHNOLOGYA s described and thoroughly discussed in a recent commentary (Nilsson et al. 2010), mass spectrometry (MS)-based proteomics as currently deployed is correlative despite its high mass accuracy.Yet it allows for a comprehensive and quantitative characterization of the protein composition of entire organelles, substructures, protein complexes, and biochemical fractions (e.g., detergent fractions upon phase separation).In a typical proteomic study, protein samples are separated according to their size using gel electrophoresis, i.e., Polyacrylamide Gel Electrophoresis or PAGE (e.g., SDS-PAGE) or by both size and isoelectric point, i.e., 2-D PAGE.Gel fragments containing separated proteins are then subjected to protease digestion in-gel, usually with trypsin, to generate peptides that are then subjected to liquid chromatography (LC).From the LC column, these peptides then enter the mass spectrometer where they are subjected to a first or parental MS scan.Using this parental scan,
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».