Clustered Genomic Alterations in Chromosome 7p Dictate Outcomes and Targeted Treatment Responses of Lung Adenocarcinoma With<i>EGFR</i>-Activating Mutations
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Although epidermal growth factor receptor (EGFR) tyrosine kinase inhibitors (TKIs) have been proven more effective for patients with lung adenocarcinoma with EGFR-activating mutation rather than wild type, the former group still includes approximately 30% nonresponders. The molecular basis of this substantial response heterogeneity is unknown. Our purpose was to seek molecular aberrations contributing to disease progression at the genome-wide level and identify the prognostic signature unique to patients with EGFR-activating mutation. PATIENTS AND METHODS: We first investigated the molecular differences between tumors with EGFR-activating mutation and wild-type tumors by conducting high-density array comparative genomic hybridization on a collection of 138 adenocarcinoma tissues. We then used an independent group of 114 patients to validate the clinical relevance of copy-number alterations (CNAs) in predicting overall and disease-free survival. Finally, focusing on 23 patients with EGFR mutation receiving EGFR-TKI treatment, we investigated the association between CNAs and response to EGFR-TKIs. RESULTS: We identified chromosome regions with differential CNAs between tumors with EGFR-activating mutation and wild-type tumors and found the aberration sites to cluster highly on chromosome 7p. A cluster of six representative chromosome 7p genes predicted overall and disease-free survival for patients with EGFR-activating mutation but not for those with wild type. Importantly, simultaneous presence of more genes with increased CNAs in this cluster correlated with less favorable response to EGFR-TKIs in patients with EGFR-activating mutation. CONCLUSION: Our results shed light on why responses to EGFR-TKIs are heterogeneous among patients with EGFR-activating mutation. They may lead to better patient management in this population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».