Molecular systematics of <i>Allium</i> subgenus <i>Amerallium</i> (Amaryllidaceae) in North America
Notice bibliographique
Résumé
PREMISE OF THE STUDY: Early plant taxonomists formed hypotheses about relationships among taxa based on characters such as morphology, anatomy, phytochemistry, ecology, and geography. Modern molecular systematic methods, based on DNA sequence variation, augment early methods and provide an additional line of evidence by which to evaluate taxonomic hypotheses. In North America north of Mexico, wild onions (Allium, Amaryllidaceae) are represented by 84 native species, 81 of which belong to subgenus Amerallium. On the basis of morphology, these species have been divided into eight informal taxonomic "alliances" hypothesized to represent shared evolutionary history among species. The main aim of this research was to test the monophyly of the alliances with molecular phylogenetic methods. METHODS: We sampled 74 Amerallium species north of Mexico and two Mexican endemics and constructed a molecular phylogeny of subgenus Amerallium in North America based on predominantly noncoding sequences from two nuclear ribosomal RNA regions (ITS and ETS) and two plastid regions (trnL-F and rpL32-trnL). KEY RESULTS: Most clades are well supported in analyses of nuclear data and when nuclear and plastid data are combined. However, the plastid data alone did not produce a well-resolved or well-supported tree. Morphological alliances were sometimes congruent with groups recovered in the molecular phylogeny, but strict monophyly was observed in only three of eight alliances. CONCLUSIONS: We propose an infrageneric classification that recognizes two sections in New World Amerallium. Because there is substantial incongruence between morphological and molecular groups, we advocate retaining informal alliances rather than adopting formal subsections until further morphological and molecular analyses can be carried out.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».