Comparative genomic analysis of sequences sampled from a small region on soybean (<i>Glycine max</i>) molecular linkage group G
Notice bibliographique
Résumé
Eight DNA markers spanning an interval of approximately 10 centimorgans (cM) on soybean (Glycine max) molecular linkage group G (MLG-G) were used to identify bacterial artificial chromosome (BAC) clones. Twenty-eight BAC clones in eight distinct contiguous groups (contigs) were isolated from this genome region, along with 59 BAC clones on 17 contigs homoeologous to those on MLG-G. BAC clones in four of the MLG-G contigs were also digested to produce subclones and detailed physical maps. All of the BAC-ends were sequenced, as were the subclones, to estimate proportions in different sequence categories, compare similarities among homoeologs, and explore microsynteny with Arabidopsis. Homoeologous BAC contigs were enriched in repetitive sequences compared with those on MLG-G or the soybean genome as a whole. Fingerprint and cross-hybridization comparisons between MLG-G and homoeologous contigs revealed cases of highly similar physical organization between soybean duplicates, as did DNA sequence comparisons. Twenty-seven out of 78 total sequences on soybean MLG-G showed significant similarity to Arabidopsis. The homologs mapped to six compact genome segments in Arabidopsis, with the longest containing seven homologs spanning two million base pairs. These results extend previous observations of large-scale duplication and selective gene loss in Arabidopsis, suggesting that networks of conserved synteny between Arabidopsis and other angiosperm families can stretch over long physical distances.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».