Macrolide Resistance and Molecular Types of<i>Treponema pallidum</i>Causing Primary Syphilis in Shanghai, China
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The resurgence of syphilis in China requires laboratories to update their methods for molecular epidemiology investigation and surveillance. This study focuses on implementing polymerase chain reaction (PCR) diagnostic tests for syphilis and for detection of molecular subtypes and macrolide resistance among strains causing primary syphilis in the city of Shanghai, China. METHODS: Swabs were obtained from the genital lesions of 39 patients who presented with symptoms compatible with primary syphilis. Eight of the patients also provided whole blood samples. Swabs were also obtained from 10 patients without syphilis who presented with genital ulcers. PCR tests to amplify 3 common but unlinked treponemal genes were performed on DNA samples extracted from these specimens. Molecular subtyping was based on genetic characterization of 2 treponemal repeat genes, arp and tpr. Detection of macrolide resistance was accomplished by identification of the 23S ribosomal RNA gene mutation associated with the resistance pattern. RESULTS: Thirty-eight patients with primary syphilis were found to have Treponema pallidum DNA in their genital lesions by PCR assays using primers that target the bmp, tpp-47, and polA genes. None of the patients without syphilis had positive PCR results. Five molecular subtypes were identified, with 1 type (14f) causing 79% of the cases. All 38 patients were found to be infected with macrolide-resistant strains. CONCLUSIONS: Three common treponemal gene targets (bmp, tpp-47, and polA) were detectable by PCR in patients with primary syphilis. A single clone characterized as 14f and showing macrolide resistance appeared to have caused most of the primary syphilis cases in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».