The epigenetic calnexin-independent state is induced in response to environmental changes
Notice bibliographique
Résumé
Yeasts have evolved numerous responsive pathways to survive in fluctuating and stressful environments. The endoplasmic reticulum (ER) is sensitive to adverse conditions, which are detected by response pathways to ensure correct protein folding. Calnexin is an ER transmembrane chaperone acting in both quality control of folding and response to persistent stress. Calnexin is a key protein required for viability in certain organisms such as mammals and the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Nevertheless, S. pombe calnexin-independent (Cin) cells were obtained after transient expression of a particular calnexin mutant. The Cin state is dominant, is stably propagated by an epigenetic mechanism and segregates in a non-Mendelian fashion to the meiotic progeny. The nucleolar protein Cif1p was identified as an inducer of the Cin state in a previous genetic screen. Here, we report the identification of novel inducers isolated in an overexpression genetic screen: pyruvate kinase (Pyk1p) and phosphoglycerate kinase (Pgk1p). Addition of pyruvate, the end product of pyruvate kinase and glycolysis, also induced calnexin independence in a dose-dependent manner. Remarkably, growth in respiration media or cold temperatures induced the appearance of Cin cells at high frequencies. Taken together, our results indicate that the Cin state can be triggered by extracellular changes, suggesting that this state represents an epigenetic adaptative response to environmental modifications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».