Verification of Endometrial Tissue Biomarkers Previously Discovered Using Mass Spectrometry-Based Proteomics by Means of Immunohistochemistry in a Tissue Microarray Format
Notice bibliographique
Résumé
Verification of candidate protein biomarkers is a necessary step in moving from the initial discovery to application. Here, we report results of a verification exercise involving six candidate endometrial cancer biomarkers previously discovered using mass-tagging and multidimensional liquid chromatography/tandem mass spectrometry (DeSouza L., et al. J. Proteome Res. 2005, 4, 377-386) on a cohort of 148 patient samples by means of immunohistochemistry on a tissue microarray format. A panel of the three best-performing biomarkers, chaperonin 10, pyruvate kinase M2, and alpha-1-antitrypsin, achieved a sensitivity of 0.85, specificity of 0.93, predictive value of 0.90, and positive predictive value of 0.88 in discriminating malignant from benign endometrium. The ruggedness of this panel of biomarkers was verified in a 2/3-training-set-1/3-test-set cross-validation analysis by randomly splitting the cohort in 10 ways. The roles of chaperonin 10 and pyruvate kinase M2 in tumorigenesis confirm them as credible cancer biomarkers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».