Molecular signatures in protein sequences that are characteristic of cyanobacteria and plastid homologues
Notice bibliographique
Résumé
Fourteen conserved indels (i.e. inserts or deletions) have been identified in 10 widely distributed proteins that appear to be characteristic of cyanobacterial species and are not found in any other group of bacteria. These signatures include three inserts of 6, 7 and 28 aa in the DNA helicase II (UvrD) protein, an 18-21 aa insert in DNA polymerase I, a 14 aa insert in the enzyme ADP-glucose pyrophosphorylase, a 3 aa insert in the FtsH protein, an 11-13 aa insert in phytoene synthase, a 5 aa insert in elongation factor-Tu, two deletions of 2 and 7 aa in ribosomal S1 protein, a 2 aa insert in the SecA protein, a 1 aa deletion and a 6 aa insert in the enzyme inosine-5'-monophosphate dehydrogenase and a 1 aa deletion in the major sigma factor. These signatures, which are flanked by conserved regions, provide molecular markers for distinguishing cyanobacterial taxa from all other bacteria and they should prove helpful in the identification of cyanobacterial species, simply on the basis of the presence or absence of these markers in the corresponding proteins. The signatures in six of these proteins (SecA, elongation factor-Tu, ADP-glucose pyrophosphorylase, phytoene synthase, FtsH and ribosomal S1 protein) are also commonly present in plastid homologues from plants and algae (chlorophytes, chromophytes and rhodophytes), indicating their specific relationship to cyanobacteria and supporting their endosymbiotic origin from these bacteria. In phylogenetic trees based on a number of these proteins (SecA, UvrD, DNA polymerase I, elongation factor-Tu) that were investigated, the available cyanobacterial homologues grouped together with high affinity (>95 % bootstrap value), supporting the view that the cyanobacterial phylum is monophyletic and that the identified signatures were introduced in a common ancestor of this group.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».