Control-Plate Regression (CPR) Normalization for High-Throughput Screens with Many Active Features
Notice bibliographique
Résumé
Systematic error is present in all high-throughput screens, lowering measurement accuracy. Because screening occurs at the early stages of research projects, measurement inaccuracy leads to following up inactive features and failing to follow up active features. Current normalization methods take advantage of the fact that most primary-screen features (e.g., compounds) within each plate are inactive, which permits robust estimates of row and column systematic-error effects. Screens that contain a majority of potentially active features pose a more difficult challenge because even the most robust normalization methods will remove at least some of the biological signal. Control plates that contain the same feature in all wells can provide a solution to this problem by providing well-by-well estimates of systematic error, which can then be removed from the treatment plates. We introduce the robust control-plate regression (CPR) method, which uses this approach. CPR's performance is compared to a high-performing primary-screen normalization method in four experiments. These data were also perturbed to simulate screens with large numbers of active features to further assess CPR's performance. CPR performs almost as well as the best performing normalization methods with primary screens and outperforms the Z-score and equivalent methods with screens containing a large proportion of active features.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,024 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».