Molecular comparisons of alphabaculovirus-based products: Gypchek with Disparvirus (<i>Lymantria dispar</i>) and TM BioControl-1 with Virtuss (<i>Orgyia pseudotsugata</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gypsy moth, Lymantria dispar (L.) (Lepidoptera: Lymantriidae), multicapsid nucleopolyhedrovirus (LdMNPV) has been registered as a microbial pest-control product in the United States (Gypchek®) and Canada (Disparvirus®). Similarly, Douglas-fir tussock moth, Orgyia pseudotsugata (McDunnough) (Lepidoptera: Lymantriidae), multicapsid nucleopolyhedrovirus (OpMNPV) is registered in the United States and Canada as TM BioControl-1® and a product derived from TM BioControl-1 (Virtuss®) is also registered in Canada. To determine changes that may have occurred in these products over time, we compared DNA from Gypchek with Disparvirus and DNA from TM BioControl-1 with Virtuss using restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. Gypchek and Disparvirus showed the same RFLP banding patterns when viral genomic DNA was digested with BamH I, EcoR V, and Hind III and only a single band difference at approximately 1.6 kilobase (kb) when digested with Bgl II. TM BioControl-1 and Virtuss showed no differences in genomic DNA when digested with Bgl II, Sam I or Hind III. Twelve viral open reading frames (ORFs) were amplified from Gypchek and Disparvirus and nine from TM BioControl-1 and Virtuss by polymerase chain reactions (PCR). The amplified ORFs ranged from highly conserved (polyhedrin) to least conserved (vp91 capsid associated protein). The products were sequenced and the deduced protein products compared. Amino acid sequences deduced from the sequenced PCR products indicated that 8 of the 12 proteins were identical in the two LdMNPV products. The four proteins showing minor sequence variations were DNA polymerase, LEF-8, P74 envelope protein, and VP 91 capsid associated protein. No differences were detected in the protein products deduced from the nine sequenced ORFs from TM BioControl-1 and Virtuss. Comparative RFLP and protein phylogenetic analyses of Gypchek with Disparvirus and TM BioControl-1 with Virtuss revealed little difference between the respective LdMNPV and OpMNPV populations that make up these product pairs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».