Relatedness of<i>Macrophomina phaseolina</i>isolates from tallgrass prairie, maize, soybean and sorghum
Notice bibliographique
Résumé
Agricultural and wild ecosystems may interact through shared pathogens such as Macrophomina phaseolina, a generalist clonal fungus with more than 284 plant hosts that is likely to become more important under climate change scenarios of increased heat and drought stress. To evaluate the degree of subdivision in populations of M. phaseolina in Kansas agriculture and wildlands, we compared 143 isolates from maize fields adjacent to tallgrass prairie, nearby sorghum fields, widely dispersed soybean fields and isolates from eight plant species in tallgrass prairie. Isolate growth phenotypes were evaluated on a medium containing chlorate. Genetic characteristics were analysed based on amplified fragment length polymorphisms and the sequence of the rDNA-internal transcribed spacer (ITS) region. The average genetic similarity was 58% among isolates in the tallgrass prairie, 71% in the maize fields, 75% in the sorghum fields and 80% in the dispersed soybean fields. The isolates were divided into four clusters: one containing most of the isolates from maize and soybean, two others containing isolates from wild plants and sorghum, and a fourth containing a single isolate recovered from Solidago canadensis in the tallgrass prairie. Most of the sorghum isolates had the dense phenotype on media containing chlorate, while those from other hosts had either feathery or restricted phenotypes. These results suggest that the tallgrass prairie supports a more diverse population of M. phaseolina per area than do any of the crop species. Subpopulations show incomplete specialization by host. These results also suggest that inoculum produced in agriculture may influence tallgrass prairie communities, and conversely that different pathogen subpopulations in tallgrass prairie can interact there to generate 'hybrids' with novel genetic profiles and pathogenic capabilities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».