MALDI Imaging of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues: Application to Model Animals of Parkinson Disease for Biomarker Hunting
Notice bibliographique
Résumé
A common technique for the long-term storage of tissues in hospitals and clinical laboratories is preservation in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) blocks. Such tissues stored for more than five years have not been useful for proteomic studies focused on biomarker discovery. Recently, MS-based proteomic analyses of FFPE showed positive results on blocks stored for less than 2 days. However, most samples are stored for more than one year, and thus our objective was to establish a novel strategy using as a model system 6-hydroxydopamine (6-OHDA) treated rat brain tissues stored in FFPE blocks for more than 9 years. We examined MALDI tissue profiling combining the use of automatic spotting of the MALDI matrix with in situ tissue enzymatic digestion. On adjacent sections, the identification of compounds is carried out by tissue digestion followed by nanoLC/MS-MS analysis. The combination of these approaches provides MALDI direct analysis, MALDI/MS imaging, as well as the localization of a large number of proteins. This method is validated since the analyses confirmed that ubiquitin, trans-elongation factor 1, hexokinase, and the Neurofilament M are down-regulated as previously shown in human or Parkinson animal models. In contrast, peroxidoredoxin 6, F1 ATPase, and alpha-enolase are up-regulated. In addition, we uncovered three novel putative biomarkers, the trans-elongation factor 1 (eEF1) and the collapsin response mediator 1 and 2 from protein libraries. Finally, we validate the CRMP-2 protein using immunocytochemistry and MALDI imaging based on the different ions from trypsic digestion of the protein. The access to archived FFPE tissue using MALDI profiling and imaging opens a whole new area in clinical studies and biomarker discovery from hospital biopsy libraries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».