Structure of the Clade 1 catalase, CatF of <i>Pseudomonas syringae</i>, at 1.8 Å resolution
Notice bibliographique
Résumé
Catalase CatF of Pseudomonas syringae has been identified phylogenetically as a clade 1 catalase, closely related to plant catalases, a group from which no structure has been determined. The structure of CatF has been refined at 1.8 A resolution by using X-ray synchrotron data collected from a crystal flash-cooled with liquid nitrogen. The crystallographic agreement factors R and R(free) are, respectively, 18.3% and 24.0%. The asymmetric unit of the crystal contains a whole molecule that shows accurate 222-point group symmetry. The crystallized enzyme is a homotetramer of subunits with 484 residues, some 26 residues shorter than predicted from the DNA sequence. Mass spectrometry analysis confirmed the absence of 26 N-terminal residues, possibly removed by a periplasmic transport system. The core structure of the CatF subunit was closely related to seven other catalases with root-mean-square deviations (RMSDs) of 368 core Calpha atoms of 0.99-1.30 A. The heme component of CatF is heme b in the same orientation that is found in Escherichia coli hydroperoxidase II, an orientation that is flipped 180 degrees with respect the orientation of the heme in bovine liver catalase. NADPH is not found in the structure of CatF because key residues required for nucleotide binding are missing; 2129 water molecules were refined into the model. Water occupancy in the main or perpendicular channel of CatF varied among the four subunits from two to five in the region between the heme and the conserved Asp150. A comparison of the water occupancy in this region with the same region in other catalases reveals significant differences among the catalases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».