<i>S. cerevisiae</i> Vts1p induces deadenylation-dependent transcript degradation and interacts with the Ccr4p-Pop2p-Not deadenylase complex
Notice bibliographique
Résumé
The Smaug family of sequence-specific RNA binding proteins regulates mRNA translation and degradation by binding to consensus stem-loop structures in target mRNAs. Vts1p is a member of the Smaug protein family that regulates the stability of target transcripts in Saccharomyces cerevisiae. Here we focus on the mechanism of Vts1p-mediated mRNA decay. Using RNA reporters that recapitulate Vts1p-mediated decay in vivo, we demonstrate that Vts1p stimulates mRNA degradation through deadenylation mediated by the Ccr4p-Pop2p-Not deadenylase complex. We also show that Vts1p interacts with the Ccr4p-Pop2p-Not complex suggesting that Vts1p recruits the Ccr4p-Pop2p-Not deadenylase complex to target mRNAs, resulting in transcript decay. Following deadenylation Vts1p target transcripts are decapped and subsequently degraded by the 5'-to-3' exonuclease Xrn1p. Decapping and 5'-to-3' decay is thought to occur in foci known as P-bodies, and we provide evidence that Vts1p function may involve P-bodies. Taken together with previous work, these data suggest that Smaug family members employ a conserved mechanism to induce transcript degradation that involves recruitment of the Ccr4-Pop2-Not deadenylase to target mRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».