The second round of Critical Assessment of Automated Structure Determination of Proteins by NMR: CASD-NMR-2013
Notice bibliographique
Résumé
The second round of the community-wide initiative Critical Assessment of automated Structure Determination of Proteins by NMR (CASD-NMR-2013) comprised ten blind target datasets, consisting of unprocessed spectral data, assigned chemical shift lists and unassigned NOESY peak and RDC lists, that were made available in both curated (i.e. manually refined) or un-curated (i.e. automatically generated) form. Ten structure calculation programs, using fully automated protocols only, generated a total of 164 three-dimensional structures (entries) for the ten targets, sometimes using both curated and un-curated lists to generate multiple entries for a single target. The accuracy of the entries could be established by comparing them to the corresponding manually solved structure of each target, which was not available at the time the data were provided. Across the entire data set, 71 % of all entries submitted achieved an accuracy relative to the reference NMR structure better than 1.5 Å. Methods based on NOESY peak lists achieved even better results with up to 100% of the entries within the 1.5 Å threshold for some programs. However, some methods did not converge for some targets using un-curated NOESY peak lists. Over 90% of the entries achieved an accuracy better than the more relaxed threshold of 2.5 Å that was used in the previous CASD-NMR-2010 round. Comparisons between entries generated with un-curated versus curated peaks show only marginal improvements for the latter in those cases where both calculations converged.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».