Interferon-induced HERC5 is evolving under positive selection and inhibits HIV-1 particle production by a novel mechanism targeting Rev/RRE-dependent RNA nuclear export
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Type I interferon (IFN) inhibits virus replication by activating multiple antiviral mechanisms and pathways. It has long been recognized that type I IFNs can potently block HIV-1 replication in vitro; as such, HIV-1 has been used as a system to identify and characterize IFN-induced antiviral proteins responsible for this block. IFN-induced HERC5 contains an amino-terminal Regulator of Chromosome Condensation 1 (RCC1)-like domain and a carboxyl-terminal Homologous to the E6-AP Carboxyl Terminus (HECT) domain. HERC5 is the main cellular E3 ligase that conjugates the IFN-induced protein ISG15 to proteins. This E3 ligase activity was previously shown to inhibit the replication of evolutionarily diverse viruses, including HIV-1. The contribution of the RCC1-like domain to the antiviral activity of HERC5 was previously unknown. RESULTS: In this study, we showed that HERC5 inhibits HIV-1 particle production by a second distinct mechanism that targets the nuclear export of Rev/RRE-dependent RNA. Unexpectedly, the E3 ligase activity of HERC5 was not required for this inhibition. Instead, this activity required the amino-terminal RCC1-like domain of HERC5. Inhibition correlated with a reduction in intracellular RanGTP protein levels and/or the ability of RanGTP to interact with RanBP1. Inhibition also correlated with altered subcellular localization of HIV-1 Rev. In addition, we demonstrated that positive evolutionary selection is operating on HERC5. We identified a region in the RCC1-like domain that exhibits an exceptionally high probability of having evolved under positive selection and showed that this region is required for HERC5-mediated inhibition of nuclear export. CONCLUSIONS: We have identified a second distinct mechanism by which HERC5 inhibits HIV-1 replication and demonstrate that HERC5 is evolving under strong positive selection. Together, our findings contribute to a growing body of evidence suggesting that HERC5 is a novel host restriction factor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».