Identification and Population Structure of <i>Burkholderia stabilis</i> sp. nov. (formerly <i>Burkholderia cepacia</i> Genomovar IV)
Notice bibliographique
Résumé
The Burkholderia cepacia complex currently comprises five genomic species, i.e., B. cepacia genomovar I, B. multivorans (formerly known as B. cepacia genomovar II), B. cepacia genomovar III, B. cepacia genomovar IV, and B. vietnamiensis (also known as B. cepacia genomovar V). In the absence of straightforward diagnostic tests for the identification of B. cepacia genomovars I, III, and IV, the last two genomic species were not formally classified as novel Burkholderia species (genomovar I contains the type strain and therefore retains the name B. cepacia). In the present study, we describe differential biochemical tests and a recA gene-based PCR assay for the routine identification of strains currently known as B. cepacia genomovar IV and propose formal classification of this organism as Burkholderia stabilis sp. nov. B. stabilis can indeed be differentiated from all other B. cepacia complex strains by the absence of beta-galactosidase activity, from strains of B. cepacia genomovars I and III and B. vietnamiensis by the inability to oxidize sucrose, and from B. multivorans by the lack of growth at 42 degrees C. In addition, analysis with the recA gene-derived primers BCRG41 (5'-ACCGGCGAGCAGGCGCTT-3') and BCRG42 (5'-ACGCCATCGGGCATGGCA-3') specifically allows the detection of B. stabilis strains in a conventional PCR assay. Examination of a set of 21 B. stabilis strains by means of random amplified polymorphic DNA analysis and pulsed-field gel electrophoresis typing suggested that the genome of this organism is highly conserved, which is in sharp contrast to the generally accepted genomic diversity, variability, and plasticity among B. cepacia strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».