Toward direct determination of conformations of protein building units from multidimensional NMR experiments. V. NMR chemical shielding analysis of N‐formyl‐serinamide, a model for polar side‐chain containing peptides
Notice bibliographique
Résumé
Knowledge of chemical shift-structure relationships could greatly facilitate the NMR chemical shift assignment and structure refinement processes that occur during peptide/protein structure determination via NMR spectroscopy. To determine whether such correlations exist for polar side chain containing amino acid residues the serine dipeptide model, For-L-Ser-NH(2), was studied. Using the GIAO-RHF/6-31+G(d) and GIAO-RHF/TZ2P levels of theory the NMR chemical shifts of all hydrogen ((1)H(N), (1)H(alpha), (1)H(beta1), (1)H(beta2)), carbon ((13)C(alpha), (13)C(beta), (13)C') and nitrogen ((15)N) atoms have been computed for all 44 stable conformers of For-L-Ser-NH(2). An attempt was made to establish correlation between chemical shift of each nucleus and the major conformational variables (omega(0), phi, psi, omega(1), chi,(1) and chi(2)). At both levels of theory a linear correlation can be observed between (1)H(alpha)/phi, (13)C(alpha)/phi, and (13)C(alpha)/psi. These results indicate that the backbone and side-chain structures of For-L-Ser-NH(2) have a strong influence on its chemical shifts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».